پیش از دوره قاجاریه نامی از اداره فلاحت یا وزارت فلاحت در هیچ کتابی نیست، بلکه همه جا گفت‌وگو از املاک شاه و دیوان خالصجات یا اداره خالصجات است. پس از استقرار مشروطیت در کشور در سال ۱۲۸۹ با دستور مظفرالدین شاه قاجار، وزارت خالصجات و زراعت و فلاحت ایجاد و میرزا نصرالله‌خان ناصرالسلطنه از اهالی تبریز به‌‌‌عنوان اولین وزیر این وزارتخانه منصوب شد. در سال ۱۲۹۸ وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه ایجاد شد که در تشکیلات آن، اداره فلاحت و تجارت وجود داشت. در سال ۱۳۰۹ وزارت فلاحت و تجارت و فواید عامه به دو وزارتخانه اقتصاد ملی و وزارت طرق و شوارع(راه و جاده‌ها) تقسیم شد. در سال ۱۳۱۰ وزارت اقتصاد ملی به سه اداره‌‌‌کل تقسیم شد که عبارت بودند از: اداره‌‌‌کل فلاحت، اداره‌‌‌کل صناعت و اداره‌‌‌کل تجارت.
در سال ۱۳۱۷ فرهنگستان زبان فارسی، واژه کشاورزی را به جای فلاحت انتخاب کرد، بنابراین اداره فلاحت به اداره کل کشاورزی تغییر نام یافت. از شهریور ۱۳۲۰ اداره‌‌‌کل کشاورزی به وزارت کشاورزی ترفیع یافت و علی‌‌‌اکبر حکیمی که خود رئیس اداره کل کشاورزی بود به عنوان اولین وزیرکشاورزی منصوب شد. از زمان انتصاب اولین وزیر کشاورزی تاکنون و با گذشت ۸۳ سال یعنی از شهریور۱۳۲۰ تا شهریور ۱۴۰۳ به تعداد ۵۴ بار انتصاب در سطح عالی‌‌‌ترین مقام این وزارتخانه انجام شده است. اگر تعداد سرپرست‌ها و انتصاب‌های تکراری را حذف کنیم ، ۳۹ وزیر در مَسند هدایت این وزارتخانه قرار گرفته‌اند. از بین وزرای انتصابی عیسی کلانتری با ۴۴۳۶ روز، محمود حجتی با ۳۸۲۷ روز و منصور روحانی با ۲۱۲۸ روز بیشترین دوران وزارت را برعهده داشته‌‌‌اند. در مقابل محمود فاتح با ۲۳ روز، نصراله‌خان خلعتبری و منصور عطایی هر یک با ۳۰ روز کمترین مدت وزارت را سپری کرده‌‌‌‌‌‌اند. متوسط مدت مدیریت در طول ۸۳سال گذشته برای ۳۹ نفر از وزرا ۶۴۱روز (حدود ۲۱ ماه) و ۷ نفر از سرپرستان وزارت ۱۱۲روز (حدود ۴ماه) بوده است.
طی برنامه‌‌‌های توسعه پیش از انقلاب اسلامی در برنامه اول ۱۱ بار، در برنامه دوم ۵ بار، در برنامه سوم ۲ بار، دربرنامه چهارم ۱ بار و در برنامه پنجم ۴ بار مدیریت وزارتخانه تغییر کرد. طی برنامه‌‌‌های توسعه پس از انقلاب اسلامی در برنامه‌‌‌های اول و دوم در مجموع ۱ بار، در برنامه سوم ۱ بار، در برنامه چهارم ۱ بار و در برنامه پنجم ۲ بار و در برنامه ششم ۴ بار مدیریت وزارتخانه تغییر کرد. ۱۲ وزیر انتصابی در ۷سال آغاز تاسیس وزارت و ۵ وزیر انتصابی در ۱۰ سال ابتدای انقلاب و در مجموع در مدت ۱۷سال خارج از برنامه‌‌‌های توسعه کشور فعالیت داشته‌‌‌اند. در۳۷ سال قبل از انقلاب ۳۵ تغییر در مدیریت وزارتخانه انجام شد که متوسط مدیریت وزارتخانه به حدود ۱سال می‌‌‌رسید. در ۴۶سال پس از انقلاب ۱۹ تغییر در مدیریت وزارتخانه انجام شد که متوسط مدیریت در حدود ۲.۵ سال بوده است. تغییرات انجام شده در عنوان این وزارتخانه در سال ۱۳۵۰ از وزارت کشاورزی به وزارت کشاورزی و منابع طبیعی و در سال۱۳۵۶ به وزارت کشاورزی و عمران روستایی در سال ۱۳۶۲ مجدد تغییر به عنوان قبلی خود وزارت کشاورزی و در سال ۱۳۷۹ در ادغام با وزارت جهادسازندگی تغییر به وزارت جهادکشاورزی بوده است.
