بیشترین سقط جنین معمولاً در سه‌ماهه اول بارداری، به‌ویژه طی ۱۲ هفته اول رخ می‌دهد. برآوردها نشان می‌دهند که حدود ۸۰ درصد از سقط‌های خودبه‌خودی در این بازه زمانی رخ می‌دهند.
علت اصلی این رخداد، ناهنجاری‌های کروموزومی در جنین است که مانع رشد طبیعی آن می‌شود. این ناهنجاری‌ها ممکن است ناشی از اشتباهات تصادفی در تقسیم سلولی باشند و اغلب به مشکلاتی منجر می‌شوند که با حیات سازگار نیستند.
مشکلات کروموزومی: به‌ویژه تریزومی‌ها (مانند سندرم داون) یا مونوسومی‌ها.
اختلالات هورمونی: کمبود پروژسترون، که برای پشتیبانی از بارداری ضروری است، ممکن است باعث سقط شود.
مشکلات رحمی: مانند ناهنجاری‌های ساختاری یا وجود فیبروم‌های بزرگ.
بیماری‌های زمینه‌ای مادر: دیابت کنترل‌نشده، مشکلات تیروئید، یا اختلالات خودایمنی مثل لوپوس.
عفونت‌ها: برخی از عفونت‌های ویروسی یا باکتریایی می‌توانند باعث مرگ جنین شوند.
اگرچه سقط جنین در سه‌ماهه دوم (هفته‌های ۱۳ تا ۲۴) کمتر شایع است، اما معمولاً با عوامل دیگری مانند مشکلات رحمی، نارسایی دهانه رحم، یا عفونت‌های جدی مرتبط است.
برخی از عوامل خطر مانند سن مادر، عادت‌های ناسالم (مثل سیگار کشیدن یا مصرف الکل)، و بیماری‌های زمینه‌ای با مراقبت پزشکی و اصلاح سبک زندگی قابل کنترل هستند.
همچنین غربالگری زودهنگام و مراقبت‌های منظم دوران بارداری می‌توانند شانس سقط را کاهش دهند.
