مهم‌ترین مرجع فدراسیون‌های ورزشی رکن قضایی است که احقاق حقوق فعالین و تخلفات تحقق یافته مرتبط با آن فدراسیون را بر عهده دارند. اعضای ارکان کمیته‌های قضایی فدراسیون‌ها باید با رعایت اصول کلی حاکم بر رسیدگی نظیر اصل تنازع احترام به حقوق آیینی و دفاع از متهم رایج اصل محرمانگی رعایت مقررات آمره و اصول بنیادین حاکم بر ورزش و....ورود کنند و تصمیم گیری نمایند.بر اساس ماده 62 اساسنامه فدراسیون فوتبال ساختار رکن قضایی این فدراسیون متشکل از کمیته انظباطی، کمیته اخلاق و کمیته استیناف است.کمیته اخلاق فدراسیون فوتبال مسئولیت تعیین آئین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های مربوط به رعایت مسائل اخلاقی و فرهنگی و بازی جوانمردانه همچنین نظارت بر نحوه اجرای این آئین‌نامه‌ها، دستورالعمل‌های مصوب و تصمیم‌گیری در خصوص موارد عدم رعایت اصول اخلاقی، فرهنگی و بازی جوانمردانه را بر عهده دارد.

آنچه در بررسی‌ها مشخص شده این است که این کمیته تا به امروز برای افراد مختلفی در حوزه مدیران فدراسیون نظیر عزیزی خادم، میرشاد ماجدی، کفاشیان، ترابیان و..  پروندهای مختلف تشکیل داده که یا در حال رسیدگی و یا منجر به صدور رأی شده است.سوالی که مطرح است و باید مسئولان کمیته اخلاق به آن پاسخ دهند این است که چرا تاکنون این کمیته در برابر خسارت‌های هنگفت و بدهی سنگین پرونده ویلموتس که بر اثر سوء مدیریت مهدی تاج ریاست فدراسیون و اعضای هیأت رئیسه از محل پول‌های بلوکه شده فدراسیون در فیفا به این مربی پرداخت شده یا ماجرای واگذاری ساختمان فدراسیون فوتبال در سئول جنوبی و همچنین واگذاری سه دانگ از سند ساختمان باشگاه پرسپولیس به شستا پرونده‌ای تشکیل نداده و اگر پرونده ای تشکیل شده چرا مثل سایر پروندهای دیگر این موارد برای افکار عمومی شفاف سازی نشده علت سکوت این کمیته در برابر این همه خسارت چه بوده است؟!طبق قوانین فیفا که در ردیف صلاحیت‌ها به صراحت آمده عنوان شده: هنگامی که یک نامزد انتخاباتی پست ریاست به طور رسمی متهم شود و یا اقداماتی قضایی موقت در ارتباط با او انجام می‌شود حتی اگر رأی نهایی هم صادر نشده باشد کمیته انتخابات می‌تواند صلاحیت نامزد مذکور را رد نماید و قطعا فیفا این دستورالعمل را در اختیار تمامی فدراسیونها قرار داده که فدراسیون فوتبال کشورمان از این امر مستثنی نیست.

مهدی تاج ریاست کنونی فدراسیون در حالی روز سه‌شنبه برای سومین بار کاندیدای انتخابات این فدراسیون شد که بر اساس اسناد منتشر شده وی دارای یک حکم قطعی محکومیت در محاکم قضایی است.معاونت حقوقی فدراسیون در مورد این موضوع اذعان داشته و ضمن تأیید آن اظهار داشته که درخواست اعمال ماده  477(بررسی مجدد پرونده) از ریاست قوه قضاییه داشتیم (صرف درخواست این ماده از ریاست قوه مانع اجرای حکم  نمی‌باشد).سوالی که مطرح است و مسئولان کمیته اخلاق باید پاسخگو باشند این است که با توجه به تاییدیه معاونت حقوقی فدراسیون چرا همچنان با گذشت چندین ماه از ابلاغ قانونی رأی محکومیت رئیس فدراسیون در محاکم قضایی این کمیته هیچ واکنشی نشان نداده است.بر اساس اصل 19 قانون اساسی برابری و بهره‌مندی تمامی شهروندان از حقوق مساوی در مقابل قانون است و اصل 159 همین قانون مقرر داشته که مرجع رسمی تظلمات و شکایات، دادگستری است. تشکیل دادگاه‌ها و تعیین صلاحیت آنها منوط به حکم قانون است.در ماده ۱۰ قانون آیین دادرسی مدنی رسیدگی نخستین به دعاوی، حسب مورد در صلاحیت دادگاه‌های عمومی و انقلاب است مگر در مواردی که قانون مرجع دیگری را تعیین کرده باشد.

به نطر می رسد فدراسیون فوتبال همچنان مثل یک جزیره خود مختار عمل می‌کند و ارکان کمیته های قضایی این فدراسیون به جای اجرای اصول بنیادین و قانونی حاکم بر ورزش و قوانین جاری کشور، قانون اساسی در برابر تصمیمات قانونی مراجع قضایی راه سکوت را انتخاب کردند.یا شاید نگاه آنها به چراغ سبز رئیس فدراسیون است که چگونه تصمیم بگیرند.در همین رابطه امیرساعد وکیل حقوقدان اظهار داشت: ارکان قضایی فدراسیون فوتبال کمیته اخلاق و کمیته انضباطی تعهداتی در قبال فردی که دارای محکومیت کیفری قضایی قطعی بوده مسوولیت مهم و خطیری دارند.به عبارتی دیگر یک مثلث سه ضلعی در چهارچوب مقررات انضباطی فدراسیون فوتبال در خصوص این موضوع قابل تصویر و قابل تجسم هست که می توانیم وحدت آن را ملاک عمل قرار بدهیم  و تکالیفی را برای کمیته اخلاق نسبت به افرادی که دارای در حقیقت رای قطعی قضایی و محکومیت کیفری قطعی هستند متصور باشیم.

این حقوفدان ادامه داد:بر اساس مواد۱۶ و۲۴ و ۷۷ و ۸۸ عملاً این مثلث سه گانه را ترسیم می‌کند اگر کمیته‌های قضایی، ارکان قضایی فدراسیون در حین رسیدگی به پرونده‌ها متوجه شوند که موضوعی در پرونده ای وجود دارد که مشمول صلاحیت مراجع عام قضایی یا سایر مراجع قضایی ورزشی هست باید آن موضوع را از طریق دبیر فدراسیون یا دبیرکل فدراسیون یا رئیس فدراسیون به آن مرجع ذی صلاح ارجاع بدهند و گزارش وقوع یک جرم یا تخلفی که در صلاحیت دادگستری است را اطلاع رسانی کنند. بر اساس مقررات انضباطی فدراسیون اگر مرجع قضایی عام یا دادگستری نیاز بداند که طرفین اختلاف در فدراسیون یا خود رکن قضایی فدراسیون در تحقیقات و تکمیل پرونده همکاری نمایند این وظیفه و تعهد برای همه افراد در فدراسیون و طرفین اختلاف وجود دارد که در این زمینه از هیچ کوششی دریغ نکنند. پس به این ترتیب یک رکن قضایی می‌تواند یکی از منابعی باشد که در جهت تکمیل تحقیقات در دادگستری در خصوص احراز اینکه آیا جرمی واقع شده یا خیر موثر باشد.

موضوع بعدی که در اینجا لازم است به آن بپردازیم اگر هر یک از افراد و مقامات در فدراسیون مطلع بشوند از اینکه مقررات اساسنامه، آیین نامه یا حتی قوانین عمومی نقض شده است باید به مقامات ذی‌صلاح در فدراسیون این موضوع را گزارش دهند و اطلاع رسانی کنند.اینجاست که وظیفه خطیر ارکان قضایی باز نمود پیدا می‌کند که تا چه اندازه نسبت به موارد نقض مقررات اساسنامه و آیین نامه‌ها و بخشنامه‌ها، حتی مقررات فیفا و اف سی باید این توجه را داشته باشند. طبق مقررات انضباطی یکی از جهات و مبانی شروع تعقیب و رسیدگی رکن قضایی مثل کمیته اخلاق یا کمیته انضباطی، گزارشی یا اطلاعی است که از سوی یک دستگاه قضایی به کمیته اخلاق یا انضباطی فدراسیون داده شود. به عبارت دیگر اگر رای در مراجع قضایی صادر شود که نشان دهد در این رای یکی از مقامات فدراسیون دارای یک محکومیت کیفری قطعی است اینجاست که طبق ماده ۱۶ مقررات انضباطی ارکان قضایی مکلف به این هستند که این را به عنوان یک جهت و مبنایی برای رسیدگی خودشان قرار دهند و شروع رسیدگی و تعقیب بر این مبنا شکل می‌گیرد.