در 17 دی سال 1356 مقاله‌ای به خواست مستقیم محمد رضا پهلوی و دستور هویدا با عنوان " ایران و استعمار سرخ و سیاه" به قلم شخصی با نام مستعار "احمد رشیدی مطلق" منتشر شد که در آن توهین بی سابقه‌ای به امام خمینی (ره) شده بود.
با انتشار این مطلب توهین‌آمیز مدرسین حوزه علمیه قم کلاس درس را در روز 18 دی سال 56 تعطیل اعلام کردند. به دنبال این امر طلاب اجتماع بزرگی تشکیل داده و به سوی منازل مراجع روانه شدند و تعدادی از مراجع تقلید قم در سخنرانی‌ها اهانت به امام خمینی(ره) را محکوم کردند و به حمایت از ایشان پرداختند. همچنین کسبه قم نیز با مشاهده خروش حوزه علمیه بر آن شدند تا مغازه‌های خود را در نوزدهم دی تعطیل کنند .
در نوزدهم دی‌ماه سال 56 ساواک در شهر قم و در اطراف مدارس علمیه قم متمرکز شد. در آن زمان قشرهای مختلف مردم با راهپیمایی به سمت منازل بزرگان حوزه شتافتند و نیروهای ساواک با مشاهده این مسئله حمله به مردم را آغاز کرده و به دنبال آن عده زیادی از طلاب و مردم قم به شهادت رسیدند و یا مجروح شدند .
افزون بر قم در دیگر شهرهای کشور هم مردم به اعتراض پرداختند و به خیابان‌ها آمدند. حکومت پهلوی که با مشاهده اعتراضات مردمی به شدت درمانده شده بود، تصور می‌کرد با برکناری دولت آموزگار و روی کار آوردن شریف امامی هم می‌تواند آرامش را به جامعه بازگرداند و هم رضایت آمریکا و انگلیس را جلب کند .
تمامی این اتفاقات باعث شد شاه سلطنت خود را در انقلاب مردم غرق شده ببیند، وی برای رهایی از این بن‌بست، آخرین تیر در کمان خود را رها می‌کند و دست به دامن رهبران جبهه ملی می‌شود و در نهایت "شاپور بختیار "به شرط گرفتن اختیارات کامل و خروج شاه از کشور، پیشنهاد نخست وزیری شاه را پذیرفت .
قبل از خروج شاه مخلوع، خانواده سلطنتی از کشور خارج شدند، ملکه مادر و اشرف به کالیفرنیا رفتند، فریده دیبا و لیلا پهلوی نیز در 25 دی از کشور خارج شدند. شاه خیال داشت مستقیم به کالیفرنیا وارد شود اما با مخالفت آمریکا مواجه شد .
تاریخ خروج شاه 27 دی مشخص شده بود ولی 25 دی شاه به بدره‌ای، فرمانده نیروی زمینی، گفت: فردا سفر انجام خواهد شد. محمدرضا پهلوی در خیالات خود می‌پنداشت که با انجام یک کودتای دیگر همچون 28 مرداد 1332 به تهران بر می‌گردد .
صبح روز ۲۶دی، شاه و فرح به فرودگاه مهرآباد رفتند و در آنجا به انتظار بختیار نشستند، بختیار پس از اخذ رای اعتماد، به فرودگاه رفت، شاه پس از دیدار با نخست وزیر همراه با ملکه با هواپیمای شاهین، ایران را برای همیشه ترک کرد و به مصر رفت، آمریکایی‌ها نیز نتوانستند وی را بازگردانند.
روز ۲۶ دی ۵۷ شاه پهلوی به‌همراه همسرش فرح، خاک ایران را به مقصد مصر ترک کرد. شاپور بختیار نخست‌وزیر، جواد سعید رئیس مجلس شورای ملی، علینقی اردلان وزیر دربار و جمعی از وابستگان درباری برای بدرقه وی حضور داشتند.
شاه در فرودگاه علت سفر خود به خارج را اینگونه توصیف کرد "مدتی است احساس خستگی می‌کنم و احتیاج به استراحت دارم. ضمناً گفته بودم پس از این که خیالم راحت شود و دولت مستقر گردد، به مسافرت خواهم رفت."
شاه پس از خروج از کشور به مصر رفت و در آسوان مورد استقبال انور سادات رئیس جمهورمصر قرار گرفت.
شاه و همراهانش در هتل ابروی(oberoi) که در جزیره‌ای میان رود نیل بنا شده، اقامت کردند. آنها پنج روز در اسوان بسر بردند و ملاقات کنندگان زیادی نداشتند. در این مدت یکی از اشخاصی که تلفنی تماس گرفت کنستانتین، پادشاه سابق یونان بود. همچنین ژرژ فلاندرن پزشک فرانسوی که از پنج سال پیش سرطان شاه را معالجه می‌کرد با او دیدار کرد اما حتی خود شاه وسعت بیماری‌اش را نفهمیده بود.
چند ساعت قبل از عزیمت شاه و همراهانش به آمریکا، سفیر مراکش در مصر به دیدار او رفت و دعوت ملک حسن دوم پادشاه مراکش را به محمدرضا پهلوی ابلاغ کرد و اینگونه مقصد دوم شاه مشخص شد.
شاه به دعوت پادشاه مراکش به آن کشور رفت ولی در "رباط" تشریفات رسمی از وی به عمل نیامد. شاه پس از دیداری با ملک حسن، در کاخ "جنان‌‌الکبیر" اقامت کرد. شاه 67 روز در این کاخ ماند و در طول این مدت، امام خمینی بعد از 14 سال تبعید از نوفل‌لوشاتو به تهران آمد و 10 روز بعد انقلاب اسلامی در 22 بهمن به پیروزی رسید.
در مدت زمان دو ماهه اقامت شاه در مراکش، اکثر درباریان و اطرافیان شاه که وی را در خروج از ایران به مصر و از آنجا تا مراکش همراهی کرده بودند، به تدریج رهسپار اروپا و آمریکا شدند. تنها جمعی از خدمه بودند که شاه را هنگام ترک مراکش همراهی کردند.
ملک حسن که قصد داشت روابط سیاسی خود را با نظام تازه تأسیس ایران حفظ کند مایل نبود اقامت شاه طولانی شود. محمدرضا پهلوی در شرایطی که نتوانسته بود کشوری را به عنوان پناهگاه بیابد، به پیشنهاد مشترک راکفلر و کیسینجر مجبور شد به باهاما در آمریکای مرکزی برود.
وی با هواپیمای اختصاصی سلطان حسن، صبح روز 10 فروردین 58 فرودگاه رباط را به مقصد جزایر باهاما ترک کرد. شاه 70 روز در این جزیره به سر برد. در همین مجمع‌الجزایر بود که شاه توسط پزشکان اعزامی از فرانسه، از سرطان غدد لنفاوی مطلع شد. طبق اسناد منتشر شده از آرشیو ملی بریتانیا، در زمان اقامت شاه در باهاما، انگلستان ماموری سری به باهاما اعزام می‌کند که به شاه پیام دهند که بریتانیا آمادگی پذیرش وی را ندارد.
شاه و باقی‌مانده همراهان روز 20 خرداد 1358 با یک هواپیمای کرایه‌ای از باهاما راهی مکزیک شدند و در یک خانه ویلایی که قبلاً برای اقامت آنان در نظر گرفته شده بود، مستقر شدند. شاه در این مدت از یک تومور سرطانی بدخیم و یرقان شدید رنج می‌برد. پس از 4 ماه اقامت در مکزیک وی مطلع شد که دولت کارتر با سفر او به آمریکا صرفاً با هدف معالجه بیماری موافقت کرده است. پس در 30 مهر 58، مکزیکوسیتی را به مقصد بیمارستان نیویورک ترک کرد.
شاه 54 روز در بیمارستان نیویورک بستری شد. در این مدت دو بار تحت عمل جراحی طحال و کیسه صفرا قرار گرفت. کمتر از دو هفته پس از ورود شاه به این بیمارستان، لانه جاسوسی سفارت آمریکا در تهران به تصرف دانشجویان مسلمان پیرو خط امام درآمد و این امر کارتر را نسبت به عدم حضور شاه در آمریکا متقاعد کرد. مکزیک نیز به شاه اطلاع داد که بعد از تصرف سفارت امریکا در تهران، دولت مکزیکوسیتی به خاطر حفظ روابط سیاسی خود با حکومت تهران مایل به میزبانی مجدد شاه نیست.
بدترین لحظه برای شاه و همسرش زمانی بود که در 11 آذر 58 از بیمارستان نیویورک مرخص شدند ولی هنوز مقصدی برای سفر نداشتند. در نتیجه با یک هواپیمای نیروی هوایی آمریکا به مقصد تگزاس پرواز کردند تا 2 هفته باقی مانده از روادید خود را در آنجا در داخل آپارتمانی کوچک بگذرانند اما در حین راه به همراهان آمریکایی خبر رسید که آن آپارتمان هنوز آماده نیست. شاه و همسرش را به مکانی که بعداً معلوم شد، مرکزی برای نگهداری بیماران است، بردند. فرح برای نخستین بار با فریاد به همراهان آمریکایی خود اعتراض کرد و گفت "آیا ما در اینجا زندانی هستیم؟ آیا کارتر ما را زندانی کرده است؟
مقامات آمریکایی با پایان مهلت اقامت شاه در آمریکا به وی اطلاع دادند که به دلیل عواقب ناشی از تصرف سفارت آمریکا در تهران، امکان تمدید روادید وی وجود ندارد و به همین دلیل در پاناما جایی مناسب برای اقامت وی و همسرش در نظر گرفته شده است. شاه که غیر از پذیرفتن، چاره دیگری نداشت به اتفاق همسرش در 24 آذر 1358 با هواپیمای نیروی هوایی آمریکا از فرودگاه تگزاس به پاناما در آمریکای مرکزی برده شدند.
وقتی شاه و فرح در پاناماسیتی از هواپیما خارج می‌شدند تنها جمعی از سربازان گارد ملی پاناما، افسران امنیتی، دستیاران "عمر توریخوس" دیکتاتور پاناما و سفیر آمریکا کسی در فرودگاه نبود. شاه، همسرش و پزشک مخصوص آنها با هلیکوپتر از فرودگاه به یک پایگاه در جزیره‌ای به نام "کونتا دورا" متعلق به پاناما انتقال داده شدند.
شاه در پاناما با دو دردسر روبه‌رو بود. اول شدت گرفتن بیماری شاه که وی مایل نبود پزشکان پانامایی بدون اطلاع از ماهیت و عمق بیماری‌اش معالجات را از صفر شروع کنند و دیگری اطلاعاتی که براساس آن مقامات وزارت خارجه دولت ایران در تماس مداوم با مقامات پانامایی بودند تا بتوانند راهی برای استرداد شاه پیدا کنند. در واقع در پاناما بحث استرداد شاه قوت گرفته بود و کارتر قصد داشت با تحویل شاه بر سر گروگان‌های آمریکایی جانه‌زنی کند.
براساس کتاب "دخترم فرح" نوشته فریده دیبا مادر فرح پهلوی، عمر توریخوس انسان بسیار بی‌ادبی بوده و به هیچ‌وجه آداب گفت‌و‌گوی دیپلماتیک را رعایت نمی‌کرد. توریخوس شاه را «چوپن» می‌نامید یعنی تفاله! با همه این مشکلات، شاه و همسرش 100 روز در پاناما ماندند و سپس به اصرار همسر رئیس‌جمهور مصر، روز سوم فروردین 1359 با یک هواپیمای پانامایی رهسپار قاهره شدند.
در 2 تیر 1358 و زمان اقامت شاه در مکزیک، انورسادات از پارلمان مصر تقاضا کرده بود قطعنامه‌ای تصویب کند و به شاه اجازه دهد تا به عنوان پناهنده سیاسی برای همیشه در مصر بماند. این پیشنهاد سادات با 384 رای موافق در برابر 8 رای مخالف تصویب شد.
شاه روز 8 فروردین 59 در بیمارستان معادی قاهره تحت عمل جراحی طحال و کبد قرارگرفت. آزمایش‌های انجام شده بر روی بافت‌ها نشان می‌‌داد سرطان بدخیم تمامی سیستم خون و کبد وی را فرا گرفته است. همه پزشکان سرشناس مصری به رهبری یک متخصص قلب که پزشک شخصی سادات بود، در بیمارستان معادی حضور داشتند. حال عمومی شاه در اقامت دومش در مصر هفته به هفته و ماه به ماه وخیم‌تر شد تا اینکه 4 ماه پس از سفر دوم خود به مصر در 5 مرداد 1359 درگذشت.
