روز ۲۶ فروردین ۱۳۶۸ امام طی نامه‌ای خطاب به نمایندگان مجلس دلایل عزل آیت‌الله منتظری را از قائم‌مقامی رهبری تبیین کرد.
متن این نامه را به نقل از مرکز اسناد انقلاب اسلامی در پی می‌خوانید:
بسم الله الرحمن الرحیم
خدمت فرزندان عزیز، نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی، و وزرای محترم- دامت افاضاتهم
با سلام، شنیدم در جریان امر حضرت آقای منتظری نیستید و نمی‌دانید قضیه از چه قرار است. همین‌قدر بدانید که پدر پیرتان بیش از دو سال است در اعلامیه‌ها و پیغام‌ها تمام تلاش خود را نموده است تا قضیه بدین‌جا ختم نگردد، ولی متاسفانه موفق نشد. از طرف دیگر وظیفه شرعی اقتضا می‌کرد تا تصمیم لازم را برای حفظ نظام و اسلام بگیرد؛ لذا با دلی پرخون حاصل عمرم را برای مصلحت نظام و اسلام کنار گذاشتم.
ان‌شاء‌الله خواهران و برادران در آینده تا اندازه‌ای روشن خواهند شد. سفارش این موضوع لازم نیست که دفاع از اسلام و نظام شوخی‌بردار نیست؛ و در صورت تخطی، هر کس در هر موقعیت بلافاصله به مردم معرفی خواهد شد. توفیق همگان را از خداوند متعال خواستارم؛ و السلام علیکم و رحمه الله و برکاته.
۶۸/۱/۲۶
روح الله الموسوی الخمینی
