دبیرخانه شورای عالی سلامت و امنیت غذایی، با هدف استمرار این برنامه حیاتی و ایجاد هماهنگی بین دستگاه‌های مختلف، از سال ۱۴۰۲ "کمیته علمی و سیاست‌گذاری شیر مدرسه " را ذیل کارگروه تخصصی امنیت غذا و تغذیه فعال کرده است.
در تازه‌ترین نشست این کمیته، نمایندگان وزارت آموزش و پرورش ، معاونت بهداشت، سازمان غذا و دارو، سازمان ملی استاندارد ایران، سازمان حمایت مصرف‌کنندگان و تولیدکنندگان و سازمان برنامه و بودجه کشور گرد هم آمدند تا درباره نحوه اجرای بهتر این طرح، بودجه آن و تضمین کیفیت شیر مدارس گفتگو و برنامه‌ریزی کنند.
در این جلسه، موضوعاتی چون کیفیت شیر توزیعی، پایدارسازی منابع مالی، فرهنگ‌سازی در بین دانش‌آموزان و والدین و لزوم تامین به‌موقع شیر مورد توجه قرار گرفت.
بنابر اعلام وزارت بهداشت، برنامه شیر مدرسه، یکی از طرح‌های اولویت‌دار مندرج در سند ملی دانش‌بنیان امنیت غذا و تغذیه و مورد تأیید شورای عالی سلامت و امنیت غذایی و شورای عالی انقلاب فرهنگی است که در برنامه هفتم پیشرفت کشور نیز تصویب شده است.
این برنامه گامی بلند و نویدبخش اجرای قوی‌تر و گسترده‌تر طرحی است که به سلامت و آینده دانش آموزان ایران می اندیشد.
